Berdasarkan Peraturan Walikota Yogyakarta Nomor 36 Tahun 2023 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Inspektorat Daerah dan Badan Daerah, maka Struktur Organisasi Inspektorat Kota Yogyakarta terdiri dari Inspektur, Kelompok Jabatan Fungsional, 4 (empat) Inspektur Pembantu, Sekretaris dan 3 (tiga) Kepala Sub Bagian.