Berdasarkan Peraturan Walikota Yogyakarta Nomor 96 Tahun 2020 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Inspektorat, maka Struktur Organisasi Inspektorat Kota Yogyakarta terdiri dari Inspektur, Kelompok Jabatan Fungsional, 4 (empat) Inspektur Pembantu, Sekretaris dan 3 (tiga) Kepala Sub Bagian.