Salah satu unsur yang diperlukan untuk mendapatkan sistem pengendalian yang memadai adalah memperkuat peran Aparat Pengawasan Intern Pemerintah (APIP) yang efektif. Presiden Republik Indonesia memerintahkan agar kapabilitas APIP di setiap Kementrian / Lembaga / Pemerintah Daerah pada akhir tahun 2019 berada pada level 3 (Integrated). Penilaian kapabilitas APIP menggunakan Internal Audit Capability Model (IACM) yang dikembangkan oleh The Institute of Internal Auditor (IIA) tahun 2009. Level kapabilitas APIP sendiri dikelompokkan menjadi 5 tingkatan yaitu Level 1 (Initial), Level 2 (Infrastructure), Level 3 (Integrated), Level 4 (Managed), dan Level 5 (Optimizing). 

     Inspektorat Kota Yogyakarta sebagai APIP di Pemerintah Kota Yogyakarta berhasil meraih level 3. Penyerahan hasil penilaian kapabilitas APIP dilakukan pada 9 Januari 2020 bertempat di Ruang Rapat Walikota Yogyakarta oleh Tim dari BPKP. Hasil kapabilitas APIP diterima langsung oleh Walikota Yogyakarta bersama dengan Sekretaris Daerah Kota Yogyakarta dan Inspektur Kota Yogyakarta. Level 3 berarti kemampuan APIP di lingkungan Inspektorat Kota Yogyakarta telah sanggup melakukan penilaian tentang efisiensi, efektivitas, ekonomis terhadap suatu kegiatan, serta mampu memberikan konsultasi pada tata kelola, manajemen risiko dan pengendalian internal.